Shinichi Kudo est un lycéen
dont les capacités de déduction et de raisonnement sont telles qu'il
lui arrive très souvent de collaborer avec la police sur des enquêtes
criminelles. La presse parle souvent de lui et le compare à un Sherlock
Holmes des temps modernes, ce qui fait craquer ses nombreuses fans au
grand dam de sa meilleure amie, Ran Mouri.
Toutefois, pour tenir la promesse qu'il lui a faite, Kudo
sort avec elle au parc d'attraction Tropical Land. Lors de cette petite
visite, un meurtre est commis au grand huit qu'il résoud assez
rapidement. Mais peu après cette affaire, il remarque un homme en
smoking noir assez louche et décide de le suivre. Il assiste alors à
une transaction entre l'homme en noir et un traficant d'arme. Mais
comme il était concentré sur la transaction, il en oublie un complice
et se fait assommer.
Avant qu'il ne s'évanouisse, les 2 hommes discutent de
quoi faire de lui. Pour éviter de faire trop de remous, ils décident de
l'empoisonner avec une drogue expérimentale créée par leur
organisation. Lui ayant fait avaler le poison, ils partent et Kudo
s'évanouit, terrassé par le poison et incapable de bouger suite au
choc.
Mais le poison a un effet très inattendu sur son
organisme : au lieu de mourir, Kudo se réveille. Mais beaucoup de
choses ont changé, à commencer par lui-même ! Son corps ressemble
maintenant à celui d'un enfant de 10 ans ! La police ne le croit pas,
et c'est avec réticence que son voisin admet les faits.
Pour que Kudo retrouve son corps, il doit retrouver les
hommes en noir. En attendant, pour ne pas éveiller de soupcons, il
change de nom et devient Edogawa Conan. Il s'installe (avec beaucoup de
réticences) chez sa meilleure amie parce que son père, Kogoro Mouri,
est détective. Ainsi, en mettant ses capacités de déduction au service
d'un Kogoro en facade, la poursuite des hommes en noir commence...